在脱硝尿素热解炉的实际运行中，尿素热解炉和喷射系统都不同程度地出现了结晶和堵塞的问题。在严重情况下，由于大规模结晶堵塞，热解炉被迫停止。据调查，在北京、上海、深圳、河北、山西等地，不少电厂使用的尿菜热解收费也存在尿素热解反应不充分、热解炉内产生大量沉积物的问题。一些电厂采用提高热解室出口温度的方法来消除热解炉内的沉积物，增加了尿素热解的能耗和运行成本。尿素热解反应不充分导致热解装置产生大量沉积物是我国普遍存在的问题。

  尿素热解装置运行成本高。单台热解炉 柴油年消耗量为4320吨，成本超过350万元，而某热电厂热解炉柴油年成本约为1500万元。为了降低燃料消耗和运行成本，2009年根据现有热源条件，独立完成了尿素裂解炉稀释空气源的改造。但由于锅炉采用回转式预热器，锅炉热二次风含尘量高。用锅炉热一次风代替热解炉后，热解炉和注氨管道存在粉尘沉积和堵塞问题。